Desa Wonorejo merupakan satuan wilayah pemerintah yang berada di Kecamatan Polokarto. Desa Wonorejo berdasarkan struktur pemerintahannya merupakan desa /kelurahan yang dipimpin seorang Kepala Desa. Ada 3 Kebayanan yang merupakan pembagian wilayah administrasi. Dibawah kebayanan terbagi lagi dalam satuan wilayah administrasi RW yang jumlah keseluruhannya ada 6 RW. Dibawah RW terbagi lagi dalam satuan wilayah administrasi RT yang jumlah keseluruhan ada 31 RT.
Dalam sejarahnya Desa Wonorejo adalah Desa Wonorejo Kecamatan Polokarto Kabupaten Sukoharjo, kami susun berdasar atas riwayat asal usul Dukuh Wonorejo, dari dokumentasi para sesepuh warga Desa Wonorejo, yang tergabung dalam pada Trah Kyai Imam Syuhodo Wonorejo yang telah mendapatkan pengesahan atas kebenarannya dari Kraton Surakarta, dan juga Kraton Yogyakarta :
Pengesahan pada tanggal 1 Muharrom 1400 H atau bertepatan dengan tanggal 22 Nopember 1979 M, sesuai dengan dokumen Trah Kyai Imam Syuhodo tersebut, Dukuh Wonorejo berawal sejak Pemerintahan Kraton Surakarta pada masa Sri Susuhunan PB IV bertahta, diperkirakan pada tahun 1785 M.
Pendiri (cikal bakal) Dukuh Wonorejo adalah Kyai Imam Syuhodo Apil Qur’an, beliau diangkat menjadi Wedono Perdikan dari Sinuhun PB IV dan dianugerahi Tanah Honggobayan (masih berujud hutan) yang berbatasan dengan Tanah Sukowati dan Tanah Keduang, diperintahkan untuk membuka hutan (babat) guna tempat tinggal dan mendirikan Pondok Pesantren dengan Masjidnya.
Kyai Imam Syuhodo diangkat menjadi Ulama Keraton dan sebagai Guru Ngaji Sinuhun PB IV. Tempat dan Pondok Pesantren yang diasuh oleh Kyai Imam Syuhodo ditempat yang baru itu, kian hari kian bertambah jumlah santrinya yang mondok baik dari daerah Kraton Surakarta maupun dari luar, atas perkenan Sinuhun PB IV agar Masjid yang ada (kecil) dirubah menjadi besar dan dianugerahi perkakas Masjid berujud :
Masjid Agung Wonorejo dibangun berloteng, yang pada waktu Sinuhun PB IV belajar Al Qur’an kepada Kyai Imam Syuhodo bertempat di loteng Masjid, penyusunan wulangreh buku wulang dalem juga di Masjid Wonorejo. Sinuhun PB IV menyaksikan tempat tinggal dan Pondok Pesantren asuhan Kyai Imam Syuhodo terus berkembang kian lama kian ramai, maka atas perkenan Sinuhun PB IV diberi nama WONOREJO, yanag berasal dari kata WONO berarti hutan dan REJO berarti ramai.
Dengan pengertian tadinya hutan menjadi ramai. Kyai Imam Syuhodo Apil Quran sebagai abdi dalem dan menjabat sebagai Wedono Perdikan dianugerahi nama Raden Ngabehi Imam Syuhodo I, selanjutnya menjadi sesepuh dan pimpinan Dukuh Wonorejo.
Sejarah Desa merupakan suatu hal yang tidak dapat dipungkiri yang membentuk Desa Wonorejo sebagaimana kondisi saat ini. Kondisi yang dialami Desa Wonorejo, telah mencapai perkembangan diberbagai sektor, secara singkat dapat disebutkan :